मत्स्यव्यवसाय संचालनालयाचे मुख्य कार्यालय पणजी येथे आहे.
हे संचालनालय पायाभूत सुविधा उपलब्ध करून देते तसेच मासेमारी नौका, मासेमारी होड्या/मासेमारी नौका, मासेमारी जाळी इत्यादींची नोंदणी करते.
याशिवाय गोवा राज्यातील मच्छीमार बांधव व मत्स्यव्यवसाय उद्योगाच्या उन्नतीसाठी विविध विकासात्मक तसेच कल्याणकारी योजना राबविण्यात येतात.